かつて"火の七日間"と呼ばれる最終戦争があり、人類が誇ってきた文明は壊滅した。それから約1000年後、生き残った人類は巨大な昆虫類と"腐海"と呼ばれる菌類の森におびやかされながら、細々と暮らしていた。そんなある晩、腐海のほとりにありながらも、海から吹く風で腐海の瘴気から守られている"風の谷"に、トルメキアの巨大輸送船が墜落する。王女ナウシカの指揮のもと、事故処理に当たっていた風の谷の人々は、輸送船の残骸から、古の大戦争で人類を滅ぼした殺戮兵器"巨神兵"を発見する。そこへトルメキア王国の皇女クシャナが攻め寄せ、ナウシカたちは巨神兵を巡るペジテ市とトルメキア王国の争いに、否応なく巻き込まれてしまう...。