第二次世界大戦下、アメリカ西海岸の小さな町。8歳の少年ペッパーは町の誰よりも背が低く“リトル・ボーイ”とからかわれていた。数少ない楽しみは、唯一の“相棒”である父親との空想ごっこと、父親の大好きな奇術を一緒に見ること。兄のロンドンが徴兵されることを除いて、平穏な日々は続くと思っていた。
だが、ロンドンは徴兵検査に引っかかり、代わりに父親が戦場に駆り出されることに――。心の支えである父親の不在に絶望するペッパーだったが、何とかして戦場から父親を呼び戻そうと司祭に助けを求め、すべて達成すれば願いが叶うというリストを授けられる。いちばんの難題である街のはずれ者の日本人との交流に、反発しながらもだんだんと心を通わせていき、ペッパーの“父親奪還大作戦”が始まった。