今回の舞台は、すべてが雲でできている〈雲の国〉!お花や草木を元気にして、雨や虹を作り出す大切な"雲"。雲の国はその雲を作り、いろいろな町や星に配って旅をしています。そこで生まれたひとりの雲のあかちゃんが、偶然にもばいきんまんたちと出会い、ドキンちゃんに"フワリ―"と名付けられます。元気に成長するフワリ―とドキンちゃんは、少しずつ絆を深めていきます。一方、雲の国では、なぞの汚れで雲の国が飛べなくなってしまうという大問題が発生!さらに、ばいきんまんが雲の国の王様になるために発明した"バイグモラ"が大暴走!雲の国も、アンパンマンワールドも黒い雲に覆われてしまい大ピンチに!アンパンマンたちは雲の国を守ることができるのでしょうか?そして、フワリ―とドキンちゃんの友情はどうなってしまうのでしょうか?!