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「UFO学園の秘密」(15)の3年後が描かれる本作では「新世紀エヴァンゲリオン」「キャプテン翼」などに携わった今掛勇が前作に続き監督を務め、メインキャストも再び集結。物語のカギを握るザムザに「龍の歯医者」で絶賛された千眼美子（清水富美加）が初参加している。
大学生のレイ、アンナ、タイラ、ハル、エイスケの５人は、それぞれの夢を追いかけながら学生生活を送っていた。しかし彼らには宇宙からの侵入者であるレプタリアンたちと戦うもう一つの顔があった。あるとき、邪悪な宇宙人ダハールの罠に落ち、消息を絶ったタイラを探し出すため、レイは３億３千万年前の地球へとタイムジャンプする。その時代、地球での新たな文明の創造を計画していた地球神アルファは、ゼータ星の女帝ザムザが率いるレプタリアンを地球に招き入れていた。そこに現れたダハールの狙いとは何か。レイとタイラの運命は!?そして"地球神の文明計画"とは――。
