名前も分からないその男は、《クリーン》と呼ばれていた。深夜の街でゴミ回収車を走らせ、廃品や廃屋の修理を趣味にしている寡黙な男。
そんな孤独な日々の中、クリーンには気になる存在があった。隣人の、ディアンダという少女だ。彼女と心を通わせる時、過去に亡くした娘の面影が彼の脳裏に浮かぶ。クリーンは、かつて凄腕の殺し屋《クリーナー》だった。だが"仕事"のせいで娘を死に追いやってしまい、殺し屋を辞めて清掃人《クリーナー》になったのだ。だがある時、事件が起きる。街を支配している麻薬ギャングたちがディアンダに目をつけ、手を出してきたのだ。
ディアンダを救い出すため、クリーンはアジトに乗り込みチンピラたちを半殺しにしてしまう。だがその中に、ギャングのボスであるマイケルの息子がいた。
復讐のため、マイケルは組織を総動員してクリーンを追う。警察もギャングに加担しており、もはや逃げ場はない。クリーンはディアンダを護るため再び銃をとり、たった1人で反撃を挑んでゆくが......。